ダウンロードした「scratch-microbit-1.1.0.hex.zip」をダブルクリックしてフォルダを開きます。
そして「scratch-microbit-1.1.0.hex」をmicro:bitにドラッグアンドドロップします。

※HEXファイルがmicro:bitの中にコピーされますが、ファイルは見えません